现行《医院会计制度》是财政部、卫生部按照《关于卫生改革与发展的决定》中明确的医疗机构的性质，即：不以盈利为目的的，承担一定福利职能的社会公益事业单位；根据《事业单位财务规则》和《事业单位会计准则》，结合我国医院特点，参考国外非盈利组织财务会计制度，于1998年11月17日颁布，并于1999年1月1日实施的。相对于旧的《医院会计制度》，现行《医院会计制度》根据新形势的要求，借鉴了企业财务会计改革的经验和国际惯例，是医院财务管理、会计核算的重大改革。它为医院适应市场经济，参与市场竞争注入了新的活力，是医院会计同国际惯例接轨，迈向医院会计现代化的又一次重大发展。其简要内容如下：
一、现行的《医院会计制度》将会计要素分为五类，即：资产、负债、净资产、收入和支出。改变了过去将会计科目分为资金占用和资金来源两大类的划分方法。
二、重新划分医院的收支，加强了收入和支出的管理。将医院收入划分为财政补助收入、上级补助收入、医疗收入、药品收入和其他收入；与收入分类相对应，将医院支出划分为医疗支出、药品支出、财政专项支出和其他支出。取消了过去的制剂收支，将制剂的增加值列入药品进销差价，避免了医院制剂造成的虚收虚支。
三、医药分开并实行成本核算。由于医院的经济活动不同于一般的事业单位，医院的支出应主要通过医疗服务收入来弥补，而不能依赖出售药品来弥补，将医疗及药品收支分别管理，分开核算，对医疗服务和药品消耗分别实行成本核算。
四、药品收入实行超收上缴。为了控制医疗费用的盲目增长，减轻人民群众医疗费负担，克服医疗卫生资源的浪费，对医院药品收入实行“核定收入，超收上缴”的管理办法，超出财政部门和主管部门核定的药品收入总额，按规定上缴卫生主管部门，使医院逐步回到因病施治、合理用药的正常轨道上来。
总之，现行《医院会计制度》作为对原有制度的完善和补充，在它颁布实施以来，对于规范医院的财务管理，提高医院的会计核算质量，均起到了很好的作用。但随着社会经济的飞速发展，改革步伐的日益加快及中国加入wto, 现行《医院会计制度》在运行过程中也愈来愈显现出不足及局限性，具体应从以下方面进行完善：
一、现行《医院会计制度》明确规定“适用于中华人民共和国境内的各级各类公立医疗机构。” 随着经济的发展，一大批非公有制医院应运而生，特别是民办的或慈善机构兴办的医院。然而非公立医院的会计核算如何进行，特别是非公立的非营利医院应该执行什么会计制度，目前尚无明确的规定。国家在《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》中指出，将医疗机构分为非营利性和营利性两类进行管理。根据医疗机构的性质、社会功能及其承担的任务制定并实施不同的财税、价格政策，非营利性医疗机构在医疗服务体系中占主导地位，享受相应的税收优惠政策，“卫生、财政等部门要加强对非营利性医疗机构的财务监督管理，营利性医疗机构服务价格放开，依法自主经营，照章纳税。”在我国大部分医院是国有医院，属于非营利性医院，不具有营利性，但并不等于非营利性就不能盈利。随着社会主义市场经济体制的建立，医院要生存和发展，必须实行经济核算，仅靠少量的财政拨款是不行的，主要是要以自身的医疗服务来获取收入，因而必须要有盈余，以维持自身的生存和发展。因此，非营利性医院会计可以借鉴企业会计，运用企业会计的分析方法，对医院的经济活动进行核算、监督，营利性医院则可以完全和企业一样，经卫生主管部门登记注册，采用企业会计的核算方法。
二、对资本性支出的会计处理。在正常情况下，医院发生的收益性支出直接在当期列支。医院发生的资本性支出，如购置房屋、设备、固定资产改良、大型维修等，按《医院会计制度》规定，均应从修购基金或事业基金中列支，不对医院的当期效益发生影响。即购置或接受固定资产时，一方面要借记“专用基金—一般修购基金”科目，贷记“银行存款”科目；同时借记“固定资产”科目，贷记“固定基金”科目，直到固定资产报废、毁损或盘亏等原因减少时，才按原值借记“固定基金”，贷记“固定资产”科目。笔者认为，现行《医院会计制度》对固定资产的这种核算方法，尚存在一定的弊端，需要进一步改进和完善。首先，如部分中、小医院特别是乡镇卫生院发生大量的资本性支出，而这些支出从修购基金和事业基金中不能或不完全能列支时，由于《医院会计制度》中没有明确规定列支方法，医院会计只能从医疗支出或药品支出中直接列支，即发生资本性支出时，借记固定资产和相应的支出科目，贷记固定基金和银行存款。从理论上说，购置固定资产，只是医院的流动资产转化为非流动性资产，即固定资产增加，银行存款减少，并不引起净资产的增加，固定基金的调整是净资产内部基金的一种变动，而在上述会计分录中，固定基金并不是由其他的基金转化而来，是净资产的一种虚增，从而使净资产出现不实，既然医院的新的会计制度是借鉴企业会计制度改革的成功经验，将资金平衡表改为资产负债表，将净资产与企业一样表述为资产减去负债后的差额，净资产也就应该是实实在在的所有者权益。其次，固定资产的这种核算方法，不利于考核单位及负责人的业绩和经济效益。净资产的增减变化是经济效益完成情况的一个重要指标，然而因固定资产核算方法造成的净资产忽增忽减，会使考核结果出现很大的误差；再次，这种核算方法也不利于固定资产实有价值的动态反映，容易导致单位家底不清，实力不明；最后，支出的加大，是支出的一种虚增，这样，医院当期甚至当年的收支结余会受到很大的影响。有时，一项上百万元的资本性支出可能导致医院全年的收支结余全部抵销。针对这种情况，笔者认为以下做法既不违背权责发生制原则，又不影响医院的结余。即：资本性支出在净资产中不能列支时，由原来的借记固定资产和相应的支出，贷记固定基金和银行存款，变成只借记固定资产，贷记银行存款，不调整固定基金，也不列相应的支出，以后随着修购基金的提取或事业基金的增加，再逐步调整固定基金，直至与固定资产相等平衡。这种会计核算方法，对医院当期效益不发生影响。借记固定资产，贷记银行存款，反映出资产由流动资产转化为非流动资产；不调整固定基金，说明在净资产中没有自有资金向固定基金转化，以后随着净资产的增加逐步调整固定基金正是反映净资产内部的转换关系。固定资产和固定基金调整的不一致性，说明医院的自有资金由无到有正逐步增加。惟有如此，才能准确的反映净资产的内部变化，才能使资本性支出不影响医院的当期效益，不影响医院收支结余的计算。另外，也可借鉴企业会计制度做这样的会计处理：取消“固定基金”科目的核算内容，购入固定资产时做会计分录：借：固定资产 贷：银行存款。不再同时做现行《医院会计制度》规定的借：专用基金—一般修购基金 贷：固定基金的分录。将固定基金的期初余额减去评估固定资产净值后转入“事业基金”，固定资产原值与净值之间的差额记入“累计折旧”科目。
三、修购基金的不规范提取。现行《医院会计制度》对固定资产的标准、分类、计价及核算方法都作出了明确的规定，虽未明确提出“折旧”的概念，但规定按固定资产账面价值的一定比率提取修购基金记入支出，即对固定资产不提取折旧，按账面价值的一定比率提取修购基金，并通过“专用基金—一般修购基金”进行核算。这实际上是按固定资产完全折旧的办法来计算提取修购基金，虽然与旧制度相比，上述规定在完善固定资产管理及核算，准确核算财务成果等方面，有显著改进，但与现行企业会计制度相比，在具体核算方法上，仍需改进。现行制度其会计处理为：在提取一般修购费时：借：医疗支出（药品支出、管理费用）—一般修购费 贷：专用基金—一般修购基金。 同时《医院会计制度》也没有对月中购置或报废的固定资产明确规定提取修购基金的起止月份。以上处理，明知固定资产在使用过程中已经损耗，出现减值，但会计处理结果并没有减少净资产，因而造成虚增净资产，不能对映反映某项固定资产一般修购费（折旧）的累计提取情况，不利于管理者和有关部门对固定资产一般修购费（折旧）的累计提取数进行监督。而在实际操作中往往存在对某项固定资产的一般修购费（折旧）累计多提和少提，致使其不能正确反映医院的医疗收支和药品收支结余的实绩问题，因而无法真实地反映固定资产的实际价值及提供固定资产增值、减值的客观评价依据，也无法为固定资产残值和转让价值提供定价参考，不利于固定资产的管理，不能真实地反映医院财务状况；同时，导致医院另一主要会计报表—基金情况变动表也不能反映医院实际拥有的净资产及其变动情况，虚增医院资产，有悖于会计核算中的稳健原则，影响资产负债率的真实性。故建议设立“累计折旧”一级科目进行核算，以使资产项目反映固定资产净值，净资产项目反映医院实际拥有的净资产，具体核算办法参照企业会计制度，只进行总分类核算，不进行明细核算。同时取消一般修购基金提取的会计核算内容，将“专用基金—一般修购基金”的期
初余额转入“事业基金”。区别于企业那样严格配比收入与成本费用的实际，可采用简单易行的平均年限法计提折旧。在具体方法上，对专用、贵重设备可采用个别计提折旧的方法，除此之外，均采用分类计提折旧法。在计提范围上，对房屋和建筑物，无论使用与否均计提折旧，对房屋以外的各种设备器具仅限于在用的部分，未使用的不计提折旧。在计提期限上，按规定的使用年限计提，对提前报废的固定资产不再补提，对超期使用的固定资产不再续提，并在备查簿中登记，作为更新设备和考核的参考依据。在账务处理上，计提基数以期初应计提折旧的“固定资产”账面原值为依据，采用规定的年折旧率或月折旧率计算折旧额，当月增加的固定资产，当月不提取折旧，当月减少的固定资产，当月照提折旧，从下月起不计提折旧。计提折旧时，借记有关支出科目，贷记累计折旧，同时登记固定资产明细帐和总账，并在会计报表中分别列示固定资产原值，累计折旧及固定资产净值，使资产负债表反映医院实际总资产及净资产，便于报表使用人正确理解有关信息，期末“固定资产”账户余额仍为原始价值，“累计折旧”帐户余额为已提折旧额，在资产负债表中，“累计折旧”作为“固定资产”的备抵项目列示在“固定资产”项目的下方，二者相抵后的余额应为固定资产净值。需要查明某项固定资产已计提折旧，可以根据固定资产卡片上所记载的该项固定资产原值，折旧率和实际使用年数等资料进行计算。此方法优点是将资产负债表中“累计折旧”项目金额，“固定资产净值”项目金额与“固定资产原价”项目金额比较，可以获得医院整体固定资产新旧程度的信息和使用状况，便于会计报表使用人作出相关决策。
四、增设“财务费用”科目。现行《医院会计制度》规定：医院发生的借款利息费用在“管理费用”科目中核算，存款利息收入在“其他收入”科目中核算，为适应医院新形势下成本核算和医院的负债经营的现状，规范核算借款（负债）的费用支出，合理反映借入资金的利息负担情况和合理评价资金（负债）的利用效益，故建议把原在“管理费用”中列支的借款利息支出和在“其他收入”中核算的存款利息收入统一规划到设立“财务费用”一级科目中核算，期末直接转入“收支结余”的“其他结余”。
五、增设“投资收益”科目。现行《医院会计制度》规定：医院对外投资的收益在“其他收入”科目中核算，不能单独反映在业务收支总表上，不利于单位领导及有关部门对投资收益做出评价，也不利于对投资收益的监督。为了规范对外投资收入的核算，建议设立“投资收益”一级科目进行核算，对外投资时，借记长期投资，贷记银行存款，不再同时做现行《医院会计制度》中规定的，借记专用基金—一般修购基金，贷记专用基金—投资基金，期末，将“投资收益”直接转入“收支结余”的“其他结余”。
六、根据谨慎性原则计提各种减值准备（药品、库存材料、固定资产），由于竞争加剧以及未来市场的价格波动，各种资产存放在医院的减值风险加大，但因为医疗服务行业的特殊性，完全实行“零库存”是不现实的，根据核算为管理服务的原则，必须计提各项减值准备。
七、将无形资产更加具体化。医疗服务行业是高技术、高风险行业，其无形资产主要表现为医疗技术专利权、非专利技术以及医院的信誉。医院为了适应自身发展的需要，必然开展一些能给自身带来较大经济价值的科研项目，其费用较大，如果不将其资本化，直接反映在当期支出中，其收支结余不会真实，不利于考核当期财务成果。随着医疗市场的逐步开放，会出现合作、合资医院，医院除用设备、技术进行合作外，还可以用良好的信誉作为合作资本。但目前医院会计制度未能对无形资产具体化，医院进行核算就没有法律法规方面的依据，具体操作无法进行。
1、经营活动产生的现金流量，是指医院的医疗、教学、科研及其他与经营有关的活动产生的现金流量，经营活动产生的现金流入量主要包括：医疗收入、药品收入、其他收入、医疗预收款及职工结算退款，经营活动产生的现金流出量的项目有：付出的人员经费、购药款、材料款、水电煤等业务费、邮电办公用品等公务费、职工培训等费。在现金流量表中，经营活动产生的现金流量可以直接通过期末的科目余额表中的“现金”、“银行存款”、“医疗收入”、“药品收入”、“进修费收入”、“其他收入”以及医疗、药品支出中的人员支出，“公用支出”中除去购置费的部分，“对个人和家庭的补助”支出等科目分析后填列。
2、投资活动产生的现金流量。投资活动产生的现金流量项目是指医院短期投资和长期投资的取得与处置，固定资产的购建与处置，以及无形资产的购置与转让。其现金流入项目有：收回的投资款，获得的其他与投资活动有关的现金等（股利、利息）。流出项目主要有：购建固定资产、无形资产和其他长期资产所支付的现金，投资所支付的现金，支付的其他与投资活动有关的现金等。通过单独反映投资活动产生的现金，能了解医院为获得未来收益和现金流量而导致对外投资或内部长期资产投资的程度，以及以前对外投资所带来的现金流入信息，在现金流量表上，投资活动也可直接通过“财政补助收入”、“上级补助收入”、“短期借款”、“长期借款”等科目的余额分析后填列。
3、筹资活动产生的现金流量。筹资活动产生的现金流量是指医院吸收上级财政拨款，银行借款的借入与偿还等的现金流量。其主要内容包括：收到的各级财政拨款，借款所收到的现金，收到的其他与筹资活动有关的现金，偿还债务所支付的现金，分配利润或偿付利息所支付的现金，支付的其他与筹资活动有关的现金。单独反映筹资活动产生的现金流量，能了解医院吸收上级拨款与银行借款的规模和能力，以及医院为获得此类现金流入流出而付出的代价。在现金流量表上，筹资活动可以通过“财政补助收入”、“上级补助收入”、“短期借款”、“长期借款”等科目的余额分析后填列。
总之，任何一项制度在它最初制定和实施的几年内，都有其优越性和先进性。但随着实践工作的不断运用和检验，就会逐步显现其不足，需要我们不断改进和完善，现行《医院会计制度》也是如此。当然，上述观点仅是笔者在实际工作中的一些粗浅看法，尚待今后更进一步验证和完善，从而使《医院会计制度》能够更加正确的计算医院的实际经营成果，更好地为医院的发展壮大服务。