原手工操作下不宜合并的岗位，采用电算化后可以合并，会计人员大大减少，致使这些原则的重要程度下降。再加上安全意识淡漠，对实行电算化后新的组织机构和岗位之间的相互制约、相互监督和相互控制机制不够重视，“一身多职，越俎代包”现象严重，这使得计算机舞弊现象时有发生。
原始凭证数字化，易于伪造
在手工会计环境下，企业发生的经济业务均用纸张记录，这些数据如果被修改，很容易辨别出被修改过的痕迹。但是，在会计电算化系统中，数据被直接记录在磁盘或光盘上，对数据修改可做到不留痕迹，这就给业务的记录带来了风险，计算机的存储方式是将信息转化为数字形式存储在磁(光)介质上，因此极易被篡改甚至伪造而不留任何痕迹。这给一些不法之徒提供了机会，比如通过伪造或修改客户、银行的凭证，制造虚假交易，进而侵吞公款等。
内部控制的程序化使得差错反复发生的可能性增大
电算化系统中内部控制具有人工控制与程序控制相结合的特点。电算化系统许多应用程序中包含了内部控制功能，这些程序化的内部控制的有效性取决于应用程序，如程序发生差错或不起作用，由于人们依赖性以及程序运行的重复性，使得失效控制长期不被发生，使用权系统“在特定方面发生错误或违规行为的可能性较大”。