由于思想政治工作无法为企业直接带来经济效益，相比于市场营销工作等，很多企业将思想政治视为边缘工作，此为企业思想政治工作的定位问题。 详细内容请看下文论小学班主任与学生和谐关系的构建。
正是因为企业未能端正对思想政治工作的正确认识，没有将其视为一门可操作的企业管理科学，并且没有明确操作主体、操作方法和检验效果等，以致思想政治工作形同虚设。
工作内容问题
企业内部个人利益和集体利益冲突，是牵肘企业健康发展的主要因素之一。而思想政治工作的内容，假设不能够以多元化的形式和快速的变化态势，将难以有效引导员工应对复杂的经营局面，在出现个人利益和集体利益冲突时，起不到应有的协调效果。譬如某些企业只重视自身发展，而不重视个人发展;只重视理想信念，而不重视心理健康;脱离员工工作和生活实际等。
工作方法问题
目前大多数企业的思想政治工作，主题和目标不够明确，另外某些企业的思想政治活动，还不能够深层次剖析至精神层面，以致企业员工经常出现这样的疑问：为什么要开展思想政治活动，思想政治活动有什么意义?另外，随着信息化技术的发展，思想政治工作未能结合新媒体技术，这也是当前企业思想政治工作方法的弊端性问题，使得思想政治工作的开展程度相对滞后。
企业思想政治工作问题的对策思考
企业思想政治工作的原则之一，是“实事求是”。企业在经营发展期间，必然会面对各种内外部的主客观环境问题，因此思想政治工作在定位方面，需要倾向于企业员工思想与行为活动规律的捕捉，同时融入教育学、心理学和管理学等，经过实践论证之后，才能够帮助员工树立正确的“世界观”、“人生观”和“价值观”，使得员工能够积极、主动地参与企业运营活动，充分发挥思想政治教育工作在企业运营发展中的优势。某公司在进行思想政治工作定位时，就企业员工的敬业态度、合作精神、创新意识等，开展全方位的内部调查工作，发现很多员工习惯于中规中矩的工作方法，基本上能达到企业敬业和团结友爱的要求，但由于过于墨守成规，使得很多工作无法获得突破性开展。针对该问题，企业的思想政治工作重点，集中在创新意识培养方面，实践证明，这种“实事求是”的思想政治工作定位，能够为企业的思想政治工作开展，提供有力的保障。
工作内容调整
在做好思想政治工作定位的基础上，思想政治工作的内容，要随之进行合理调整。一方面是协调企业与个人的同步发展，在思想政治工作内容中，同时强调企业和个人的利益，譬如在宣传奉献精神、爱岗敬业精神时，强化对员工个人利益的重视，而相关调查显示，很多企业员工表示在个人利益得到照顾时，会自觉为企业做出更大的贡献。笔者认为，思想政治工作的目的是协助企业可持续发展，因此工作所体现的内容，要致力于提高员工的收入，并给予员工适当的福利待遇，这样才能激励员工主动树立正确价值观，形成“崇尚竞争”、“效率优先”、“兼顾公平”等良好意识。另一方面是关注员工的思想动态和心理健康，当今社会存在各种复杂的社会矛盾问题，给员工的工作、生活带来很大的压力，譬如社会中有诸多被贴上“谄媚”、“巴结”、“走后门”标签的风气现象，很多就职的员工，在这种社会风气的渲染下，潜意识里认为有必要“拍马屁”，这种不健康的思想和心理动态，很有可能误导员工，使其无法端正工作态度。思想政治工作的内容，要强调员工思想动态和心理健康的教育培养，以座谈会、职工大会等方式，掌握员工的思想动态和心理健康，针对性纠正不良的思想和心理。