目前许多院校对计算机课程和会计课程设置的时间考虑不够。由于会计电算化课程对计算机知识要求较高，在学生计算机基础知识掌握不足的情况下，会计电算化的教学效果受到影响。
课程内容制定不合理。目前大多会计电算化教学只满足于简单的从手工账到计算机做账的过渡。这种电算化仅仅是把计算机当作是一种核算工具，模拟手工会计模式去完成原有的数据处理任务，遵循的仍然是传统的会计循环理论，忽视用现代技术手段去改变传统模式。所以，在会计电算化教学中会出现这样一种情况，学生机械地把教材或模拟实训内容录入计算机，对于用财务软件进行简单会计信息录入是熟悉的，而对于录入后的数据的处理运用是不熟悉的。这样简单计算机操作员是无法适应社会的发展需求的。另一方面，课程内容涉及范围较窄，多数院校课程只介绍了财务软件中账务处理和报表管理模块，对于采购、销售、成本、固定资产和财务分析等其他模块介绍很少。
教学方法模式单一。在会计电算化教学过程中，基本采用上课加上机的传统教学模式。上课是教师讲解，以教师为中心，上机是学生按照教师上课内容重复操作，熟练掌握就为达到要求。这种教学方式教师与学生互动不强，不能激发学生的学习积极性。师资力量不足。会计电算化的课程性质决定了教师既要具备会计知识，又要掌握一定的计算机知识。目前，各院校教师大都是毕业后直接从教的，专业知识较为单一，对于计算机技术缺乏系统地学习，既懂会计又懂计算机的复合型人才较少。另外，很多青年教师缺乏专业实践，缺少从业经验，对于会计电算化在企业中的应用不是十分清楚，在教学过程中只能按其所学教会学生一步步操作，谈不上实践，更说不上综合应用了。