近些年，我国事业单位购置固定资产不再单纯依靠国家财政拨款，固定资产购置的资金来源包括向银行贷款，接受社会各界的热心捐赠或通过高的收益等多渠道，越来越广泛。事业单位固定资产规模日益壮大。事业单位固定资产绩效管理也就成为事业单位资产管理工作的重点、难点。目前，许多事业单位已逐步建立事业单位固定资产绩效管理体系，但由于固定资产种类多种多样，数目较多，且非经营性的固定资产使用都具有无偿性，使事业单位固定资产绩效管理面临挑战。
绩效管理目标不明确
事业单位固定资产绩效管理工作是为了提升事业单位固定资产绩效管理工作的水平，促进事业单位固定资产保值、增值，更好地为事业单位发展而服务。然而在实际的管理工作中，不同部门分管各自的固定资产，许多部门以部门利益为重，在开展固定资产绩效管理工作的时没有明确目标，出现偏差。
绩效评价体系不完善或执行不力
事业单位固定资产管理的绩效评价体系包括定量指标与定性指标体系。定量指标大致分为以下几个方面。固定资产率、固定资产年增长率、固定资产完好率、固定资产维修率、固定资产使用率、固定资产盘亏率等指标;定性指标有管理制度建设考评、管理队伍建设考评、固定资产购置、使用、处置的考评和固定资产账实是否相符的考评等指标。然而这样的绩效考评指标不够周密，比较简单;并且，有些指标评价操作起来难度较大，而又没有可取代的其他评价方式;再者，许多事业单位虽已建立评价体系却没有将绩效评价落实，使得绩效评价沦为空谈。
绩效管理过程中缺少沟通协调
当管理人员在固定资产绩效管理过程中，各部门之间、上下级之间沟通不足。如此一来，对于固定资产绩效管理的工作情况难以及时上传下达，当管理过程中出现问题时，管理层没能及时进行沟通，阻碍了管理工作顺利进行。同时，不同部门间缺少对管理工作的沟通，使得信息不能顺利流转，各部门缺乏有效的统一管理。
绩效考评结果不尽人意
首先，落实固定资产绩效考评单位，绩效考评的结果往往并不理想，存在固定资产使用率较低、完好率不高、年维修率超标等问题。例如，购置固定资产后，固定资产经常处于动态变化过程，如存放地点改变、领用人变化、使用单位变换，许多事业单位固定资产领用不做记录，归还时手续不完备，资产流失损毁现象严重，固定资产完好率低。再如，事业单位固定资产绩效管理工作中，时常出现部门占有使用演变为部门所有甚至个人所有的现象。例如，人员职位变更时，经常不按规定移交资产，造成公用资产被个人据为己有，导致固定资产丢失。其次，考评结果并没有充分利用，常常只是应付式的考核，并没有建立相应的激励与约束机制。