参考文献和脚注中的问题是稿件编辑加工和校对等中最常见的，也是主编在统稿中重点注意的事项之一，尤其在各编写人员不清楚全书到底使用那种统一方式时。现作简单介绍。
参考文献的目的是说明著述的科学依据，便于读者查找，同时也体现对他人科研成果的尊重。参考文献可集中列成参考文献表，放在各章或论文集各篇文章之后，也可集中放在全书之后。所列参考文献必须是作者在写作时参考了的或引用了的他人成果，一般只列出公开出版的文献。
一般允许作者用两种方式列出参考文献，即顺序编码制(温哥华体系)和“著者-年代”制(哈佛体系)。详见“参考文献表的编排”。以上两种编码制可任选其一，但不得混用。
1、脚注
为了不影响读者阅读，将行文中一些需要特别说明的内容作为脚注处理是恰当的。我社一般采用每页重新编号的①、②、③、④……引入脚注。脚注注文放在当前页的底部，由一条自左向右、长度为页宽1/4、粗细为1磅的直线与正文分隔开。脚注注文使用6号(8pt.)“宋体+Times New Roman”或“方正书宋+Times New Roman”。
在Word中脚注的插入方法为：
将光标置在应该出现脚注号的地方，然后点击主菜单上的插入，在点击下拉菜单上的“脚注和尾注”，在按下“选项”键，接下来选中“每页重新编号”，再在“编号格式”下拉框中选择“①，②，③…”，按下“确定”，再选择“自动编号”，按下“确定”，光标就自动跳到脚注位置，这时便可以输入脚注的文字了。
2、参考文献的标注
参考文献的标注体系有两种，即顺序编码制(温哥华体系)和著者-出版年制(哈佛体系)。
2.1 顺序编码制(温哥华体系)
这种体系是按在正文中引用的文献出现先后顺序使用阿拉伯数字连续编码，用方括号括注在文中提及的文献著者或理论系统名的右上角。如：
博弈论[7]认为……
如果只提及引用内容而未提及著者，则括注在所引用文字群的右上角。如:
根据遗传学原理,可以推论出这种变异是受基因控制的,是可以遗传的[8]。
如果所提及的文献作为文字叙述中的直接说明语时，则应与正文平排,并且每个序号都应加上方括号。如:
紫色土壤主要分布在我国西南地区(参见文献[11]、[20]、[32])。
文中多次引用同一参考文献，只在第一次出现时编排序号(在参考文献表中也只出现一次)，其他处使用同一序号;如果多次引用的是同一参考文献的不同页的内容并标上了页码，则每次引用都应编排序号，参考文献表中也要一一列出。
若某一问题使用了多篇文献说明，这时将各文献的序号在一个方括号内全部列出，中间加逗号，若遇连续序号，可在起讫序号中间加“~”表示。如：
这种变异往往发生在细胞的减数分裂时期[3, 5, 7~10]，但是为了……
2.2 著者-出版年制(哈佛体系).
这种参考文献是由著者姓名与出版年代构成。标注方法是在被引用的著者姓名之后用圆括号标注参考文献的出版年代。如：
徐道一(1983)认为，生物变革时期与太阳系在银河系的运行轨迹可能有一定联系。
文中只提及所引用的资料内容而未提及著者，则在引文叙述文字之后用圆括号标注著者姓(中国人、朝鲜人、日本人等用汉字姓名的著者要用完整的姓氏和名字)和出版年代，两者之间空一格，不用逗号。如：
孟德尔发现了一个很重要的现象，即红、白花豌豆杂交后的所结种子第二年长出的植株的红白花色比例为3:1(方宗熙 1962)。
引用同一著者在同一年份出版的多篇文献时，出版年份之后用英文小写字母a、b、c…加以区别，并用逗号隔开。如：
根据泰勒级数展开公式，我们很自然地假定在靠近平衡态时广义生态力和广义生态流之间是线性齐次关系(鲁廷全 1988b, 1988a)。
引用有两个以上同姓的著者的外文文献，在姓氏后面加上名字的缩写(首字母，大写)，姓和名、名和年代之间空一格(不加逗号，不加缩写点)，而两个文献之间用逗号隔开。如：
1971年初北半球平均雪被显著增加，以及相伴的短波辐射吸收的减少是随后异常天气型出现的原因(Kukla G J 1974, Kukla H J 1976)。
引用多著者文献时，只标注第一个著者，其后加“等”字，或与之同义的外文(“et al.”、“и др.”…)。如：
现代生态学研究的中心是生态系统的结构与功能以及人与生物之间相互作用的关系(马世骏等 1990)。
生态学的现代品格是把一个意外的结果变成一个意料中的结果，把一个偶然的事件变成一个当然的事件(Harvey D et al. 1969 )。
同一处引用多篇文献时，按出版年份由近到远依次标注，文献与文献之间用逗号隔开。如：
遥相关研究(Alliso et al. 1971, Bjerknes 1969, Doberitz 1969, Doberitz et al. 1967)指出，两种相反的流型……。
3、参考文献表的编排
参考文献中的著录项目、标点符号及排列顺序严格按如下范例套用。参考文献表的排版样式为：六号宋体+Times New Roman，首行不缩进，悬挂缩进16磅，行距最小12磅。
3.1 顺序编码制
各篇文献要按正文标注的序号依次列出，序号前后不加任何符号，只在序号后用一空格与作者姓名隔开。
1. 专著
作者. 书名(包括副书名). 版本(第一版应略去). 出版地：出版者，出版年. 页码
作者. 文章名. 见：原出版物责任者. 原出版物名. 版本(第一版应略去). 出版地：出版者，出版年. 页码
如果是译文，则应在文献名后加上译者姓名。
黑姆斯等. 生物化学. 王镜岩等译. 北京：科学出版社，2019. 365
2. 论文集
作者. 文章名. 论文集编者(其前加“见：”或“In:”). 论文集名. 出版地：出版者，出版年. 文章的起讫页码
3. 刊物
作者. 文章名. 刊物名称，出版年，卷(期，部分)：文章的起讫页码
4.报纸
作者. 文章名. 报纸名称，年-月-日(版面第次)
顺序编码制参考文献
范例
1 中国科学院青藏高原综合科学考察队. 横断山区昆虫：第一册. 北京：科学出版社, 1992. 108
2 加德纳 E J. 遗传学原理. 杨纪珂等译. 北京：科学出版社, 1987. 98
3 钟文勤，周庆强，孙崇潞. 内蒙古草场鼠害的基本特征及其生态对策. 见：草原生态系统研究 第一集. 北京：
科学出版社，1985. 64~71
4 Abell B C. Nucleic acid content of microsomes. Nature, 1956(135): 7~9
3.2 著者-出版年制
凡正文中括注了著者姓名和年份的，其文献都必须列入参考文献表中。
参考文献表各条目前一律不加序号，先按语种分类排列，排列顺序是中文、日文、西文、俄文、其他文种。然后，中文和日文按著者的姓氏笔画数、笔顺(一、丨、丿、ヽ、乛)顺序排列(中文也可按汉语拼音字母顺序排列)，西文和俄文按著者姓氏字母顺序排列。
当一个著者有多篇文献，有单独署名的文献也有与他人合写而又是第一著者时，他单独署名的文献排在前面，并按出版年份的先后排列，接着排他与另一著者合写的文献，然后再排他与多人合写的文献。
著录项目基本与顺序编码制相同，不同的是出版年代应紧排在编著者之后，并加实心句点。
1. 专著
作者. 出版年. 书名(包括副书名). 版本(第一版应略去). 出版地：出版者. 页码
作者. 出版年. 文章名. 见：原出版物责任者. 原出版物名. 版本(第一版应略去). 出版地：出版者. 页码
如果是译文，则应在文献名后加上译者姓名。如：
黑姆斯等. 2019. 生物化学. 王镜岩等译. 北京：科学出版社. 365
2. 论文集
作者. 出版年. 文章名. 论文集编者(其前加“见：”或“In:”). 论文集名. 出版地：出版者. 文章的起讫页码
3. 刊物
作者. 出版年. 文章名. 刊物名称，卷(期，部分)：文章的起讫页码
4. 报纸
作者. 年-月-日. 文章名. 报纸名称，(版面第次)
著者-出版年制范例
中国科学院青藏高原综合科学考察队. 1992. 横断山区昆虫: 第一册. 北京: 科学出版社. 108
达尔文. 1896. 同种植物的不同花型. 叶笃庄译. 1996. 北京: 科学出版社. 102
钟文勤，周庆强，孙崇潞. 1985. 内蒙古草场鼠害的基本特征及其生态对策. 见：草原生态系统研究 第一集. 北
京: 科学出版社. 64～71
Anon. 1981. Coffee drinking and cancer of the pancreas. Br Med J, 283: 628
Bryan K. 1969. Climate and the ocean circulation: III the ocean model. Mon Wea Rev, 97: 806～827
Bryan K, Cox M D. 1968. A nonlinear model of an ocean driven by wind and differential heating. J Atoms Sci, 25:
945～967
Ross J. Radiative transfer in plant communities. In: Monteith J L, ed. Vegetation and the Atmosphere. Vol 1. London:
Academic Press, 1975. 13～52
Spar J. 1973a. Transquatorial effects of sea-surface temperature anomalies in a global general circulation model. Mon Wea Rev, 101: 554～563
Spar J. 1973b. Some effects of surface anomalies in a global general circulation model. Mon Wea Rev, 101: 91～100
Ущаков Е П и др. 1987. Водные ресурсы: рациональныи использование.Москва Б Экономика. 89
3.3 编排注意事项
1. 编著者姓名以姓前名后列出，西文和俄文编著者姓全部录入，名一般缩写为首字母(大写)，字母后不加缩写点;如果用首字母无法识别该人名时，则宜用全名。
2.文献编著者不超过三人时，可全部录入;若超过三人时，则只录入前三个，其后加“等”、“et al.”或其他语种相应的词。编著者之间不得使用“和”、“与”、“and”等连词，直接以逗号分开。
3.以组织或机构署名的文献，则以组织或机构名称作为编著者，为避免混淆，一般不用简称或缩写。
4.编著者不明的文献，编者项应注明“佚名”或其他语种与之相应的词(如Anon.)。凡采用顺序编码制的参考文献可省略此项，直接录入题名。
5.编录外文文献时，大写字母的使用要符合文献本身所使用文种的习惯用法。英文文献虚词(如冠词a，an，the，连词and，介词in，with等)应小写，实词应大写。
6.外文期刊刊名可列出全名，也可列出惯用的缩写刊名(缩写词可加缩写点;也可不加缩写点，词与词之间空一格。全书应保持一致)。只有一个词的刊名不能缩写。
期刊只列出卷号，不必标“卷”或“Vol.”等;如果是分卷图书，则应加“卷”或“册”或“Vol.”或其他语种相应的词(外文缩写词不加缩写点，首字母大小写应全书统一)。
7.参考文献中的版次、卷、期、页码等数字一律用阿拉伯数字表示。版次中中文版次著录为“第2版”、“第3版”……(第1版不必列出)，西文文献的版次著录为“2nd ed.”、“3rd ed.”或其他语种的相应词。
8.日文文献中的汉字应用日文汉字。西文文献一般应使用正体而非斜体。英文标点符号后务必使用1/4空格与后面的单词分开。
各种图书文献和期刊名称不得附加[M]、[J]等文献类型符号。著者-年代制编排的参考文献条目前不得加阿拉伯序号。
Word中个别日文汉字的输入方法是：
单击Word菜单上的“插入”→单击下拉菜单上的“符号”→在出现的窗体上的“字体”框中选择“标准字体”(对Word 97来说是“宋体”)，在子集中选择CJK统一汉字(对Word 97 来说是“部首和难检字”)→在出现的字符集中找到应该选用的日文汉字后双击或按下“插入”按钮即可(该窗口可以不关闭，以便继续插入)。
9.所应用的参考文献若已译为其他语种，正文中标注和参考文献表中只照录作者引用的那一种语种(无论是原版还是译本)。例如，在参考文献表中有中译本的文献，如果作者直接引用的是原版，则只著录原文而不必译出;若引用的是中译本，则只著录中译本并加上译者姓名而不必附原文。
11.参考文献表中，下一条的编著者、出处或其他项目与上一条相同时，应重复列出，不得用“–––”、“同上”、“同一出处”等或类似的词、符号表示。
12.当某文献有多个出版地时，只收录一个处于显要位置的出版地;出版地不明时宜在出版地一项处用方括号括注“出版地不详”或与之相应的词(如s. l.)。
13.文献有多个出版者时，只著录一个处于显要位置的出版者;出版者不明时宜在出版者一项处用方括号括注“出版者不详”或与之相应的词(如s. n.)。
14.考虑到许多作者的习惯，编辑部允许作者在全书统一的前提下对以上外文文献的编排方法做以下变通：
(1) 图书、期刊以及学位论文名称使用斜体，论文名称、章节名称使用正体。
(2) 缩写编著者者的名时使用缩写点，多个编著者之间(两个编著者之间或三个编著者时在第二个编著者和第三个编著者之间)使用and连接。
(3) 以逗号而非句点分隔文献的各部分。如
Gardiner, G. D, and Donahue, J., 1985, The Little Platte Drainage, Missouri: A Model for Locating Temporal Surfaces in a Fluvial Environmnet, in: Stein, J. K. , and Farrand, W. R. , eds., Archaeological Sediments in Context, Center for the Study of Early Man,Institute for Quarternary Studies, University of Marine, Orono, pp. 69-90
Dick, w., Tabatabai, M. A., and Eidt, R. C., 1977, An Alkaline Oxidation Method for Determination of Total Phosphorus in Soils, Soil Science Society of America Journal 41:511-514.