向水功能区排污的单位应当于每年1月底前向有管辖权的水行政主管部门或者流域管理机构报告上一年度入河排污情况。两个以上排污单位通过同一入河排污口排放废水污水的，应分别报告。入河排污口暂停使用、永久封闭或者排污情况发生较大变化的，入河排污口设置单位应当及时向有管辖权的水行政主管部门报告。
渔业用水区是为保护水生生物养殖需求划定的水域。
渔业用水区应当维护渔业用水的基本水量需求，保护天然水生生物的重要栖息地、产卵场、越冬场、索饵场及主要洄游通道，并按照渔业用水水质要求，禁止排放对鱼类生长、繁殖有严重影响的重金属及有毒有机物。
从事水产养殖的单位和个人应当严格控制水污染，确保水功能区水质达标。
缓冲区是为协调省际间、矛盾突出地区间的用水关系、衔接内河功能区与海洋功能区、保护区与开发利用区水质目标划定的水域。
缓冲区应当严格管理各类涉水活动，防止对相邻水功能区造成不利影响。在省界缓冲区内从事可能不利于水功能区保护的各类涉水活动，应当事先向流域管理机构通报。
设置取水口、入河排污口或者实施可能对水功能区有影响的活动，有关单位在提交的取水许可申请(水资源论证报告)、入河排污口设置申请、河道管理范围内工程建设项目申请、防洪评价报告等行政审批申请文件中，应当按照法律法规要求论证涉水活动对水功能区水质、水量、水生态的影响，提出预防、减缓、治理、补偿等措施。预防、减缓、治理、补偿等措施应当与取水口设置、入河排污口设置或者其他活动一并实施。
县级以上地方政府水行政主管部门或流域管理机构在审查前款所列行政审批申请文件时，应当对其是否符合水功能区保护要求进行审核，不符合水功能区保护要求的，不予批准。
本办法适用于中华人民共和国领域内的江河、湖泊、运河、渠道、水库等地表水体(以下统称江河湖泊)水功能区的保护和监督管理。
本办法所称水功能区，是指为满足水资源合理开发、利用、节约和保护的需求，根据水资源的自然条件和开发利用现状，按照流域综合规划、水生态系统保护和经济社会发展要求，依其主导功能划定范围并执行相应保护和管理要求的水域。
流域管理机构应当会同有关省、自治区、直辖市政府水行政主管部门，核定全国重要江河湖泊水功能区水域纳污能力，提出限制排污总量意见，报送国务院水行政主管部门和环境保护主管部门。
县级以上地方政府水行政主管部门应当核定辖区内水功能区水域纳污能力，向环境保护行政主管部门提出限制排污总量意见，同时报本级政府和上一级水行政主管部门。
各级政府要把限制排污总量作为水污染防治和污染减排工作的重要依据，完善入河湖排污管控机制和考核体系。
水功能区监督管理实行流域管理与行政区域管理相结合。
国务院水行政主管部门对全国水功能区实施统一监督管理。
流域管理机构负责流域内重要江河湖泊水功能区监督管理的综合协调，并对含有省界断面的水功能区(包括省界缓冲区)以及流域管理机构直接管理的河道(河段)、湖泊、水库的水功能区实施监督管理。其他水功能区按省、自治区、直辖市政府水行政主管部门确定的管理权限监督管理。
拒绝依照本办法规定接受有监督管理权的机关的监督检查，或者在接受监督检查时弄虚作假的，由县级以上地方政府水行政主管部门按照《中华人民共和国水法》的规定处罚。
过渡区是为使水质要求有差异的相邻水功能区顺利衔接划定的水域。
过渡区应当按照确保下游水功能区符合水质控制目标的要求实施管理，严格控制可能导致水体自净能力下降的涉水活动。
违反本办法规定，有下列行为之一的，责令改正，予以通报批评，对负有责任的主管人员和其他责任人员，由其上级主管部门、单位或者监察机关依法给予处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任：
(一)违法审批入河排污口设置的;
(二)不遵守水功能区管理和保护要求的;
(三)伪造或者擅自修改监测和评价结果的;
(四)不履行监督检查职责，或者发现违法行为不予查处的;
(五)其他滥用权力、玩忽职守、假公济私的行为。
经批准的水功能区划是水资源开发利用与保护、水污染防治和水环境综合治理的重要依据，应当在水资源管理、水污染防治、节能减排等工作中严格执行。
排污控制区是集中接纳生活、生产废污水且对下游水功能区功能不会造成重大不利影响的水域。
在排污控制区排放废污水，不得影响下游水功能区水质目标。县级以上地方政府应当结合城市综合整治措施，逐步减少排污控制区。
违反本办法规定，具有下列情形之一的，有管辖权的县级以上地方政府水行政主管部门或者流域管理机构应当责令限期整改：
(一)未经验收的入河排污口设置或者验收不合格，擅自使用入河排污口排污的;
(二)拒不按照县级以上地方政府水行政主管部门或流域管理机构的要求报告入河排污情况的。
水功能区达标率未达到国务院或地方政府批准的控制目标的，县级以上地方政府应当组织相关部门制定并实施水功能区限期达标整治方案，通过截污控污、生态修复等工程和非工程措施，限期达到确定的控制目标。