受限于各类人为或自然的因素影响，农田水利工程设施在其运作与维护方面仍存在部分难题，亟待解决。为此，解决上述农田水利设施的当务之急，是提高农业生产效率，增加农户农作收入的有效途径，也是带动农村整体经济发展的可行之道。
工程全局管理意识薄弱。据实地考察数据分析，当前农村地区水利工程设施运维管理情况不容乐观，虽相关水利设施破损程度不一，但其共性在于，不论是因何种原因造成的设施破坏或损毁，都无相关人员或部门愿意为此进行维修或更换，也没有相关资金资助，导致工程正常营运受上述种种困难、负面因素的影响，变得更加不堪重负，一定程度上影响了农田水利建设事业的有序发展。
一般情况下，大部分的水利工程在其完工后，即归属所在地的人民政府和与之相关的受益人负责日常运维管理。然而，现实中，大多地方人民政府却不曾设置过相关设施的运维管理制度，所谓的“管理”多下放至各个村镇，由村镇相对应的水站进行代管。
对水利设施投入度不足。由于城乡经济的不均衡发展，使得农村地区部分劳动力不满于农村生活，掀起了“弃农从工”的浪潮，愈发少人为农田水利设施提供人力或是无力上的帮助。长此以往，部分水利设施因使用不当，加上乏于维护，加速了其老化速度，从配件残缺不全，仍在投产使用;即便是完工初时的工程，也因人手不足，或使用效率低下而遭致荒废和弃置。经调查发现，相关农田水利工程的运维经费通常是依靠当地人民政府和国家的财政拨款，其中，国家对此项目的拨款通常需要层层审批，耗时较长，难以形成“及时雨”;而地方人民政府对农田水利维护的财政支持也“心有余而力不足”，正是这共同形成的资金缺口，使得部分水利工程在其建设过程中便因资金不足而质量不高，从另一层面来看，也就造成了后续易于损毁的原因之一。
设施整体管理水平欠佳。目前我国小型水利工程运行和管理工作主要由乡镇水管站代管，水利工程设施无论是因为自然原因遭到毁坏，还是由于人为因素的破坏，都没有人愿意付出过多精力和资金对其进行管理、维修。大多水利工程建成之后，表面上是受地方政府和受益人共同维护和监管。但事实上，部分地方政府管理维护服务机制并不完善，甚至连专职监管部门都未曾设立。
全面推广田间节水技术，加强对基层水管站、水库、灌区管理所等管理机构的建设，建立规范化的管理体制。具体地说，田间节水技术的范围相当广泛，包含了各种水利灌溉节水技术，比如，对回归水的利用而实现灌溉的，有利用地下与地表水进行联合调度的，有重复利用可流失水资源的。常言道：“水，作为人类与自然界一众生物赖以生存的本源所在，其不仅是劳作生活的最基础，也是自然界生命的意义，更是环境生态的基础。所以必须加大对水法、水情的宣传力度，提高全体人员对水利工程的重视程度，强化水利工程责任意识。比如，相关人员可以设置专门岗位，安排专业人员对其辖内水利设施进行定期检查，一旦发现任何存在影响生产生活以及设施本身的隐患时，必须即刻采取解决措施，务必将隐患“灭杀”于最初时，最大限度保障水利工程的正常运行和使用。
拓宽水利设施筹资渠道，基于上述可知，农田水利设施的运维与管理经费来之不易，且数量有限，所以，相关人员和部门应结合当地实际情况和需要，客观全面的向上级主管部门、政府财政部门等提起申请，争取国家财政经费补助来实现对农田水利工程的有效维护;又或是通过征收水费、转让承包经营权等方式，为水利工程设施筹集相应的维修费用。除此之外，还应将水利工程的直接受益人――人民群众也纳入其中，使之明白水利工程建设造福于民，但也需要民众的权利支持，借助完善“一事一议”政策，逐步推广并引导农民积极参与自主投资投劳，自上而下的为水利设施的管理提供助力。